Жизнь Григория Петровича в тридцатые годы ознаменовалась частыми сменами места работы. В 1930 году Институт по изучению Севера реорганизовывается, и Горбунов оказывается в стенах Ленинградского института рыбного хозяйства. Он мечтает о новых полярных экспедициях, но его новое учреждение морских исследований не проводит. Горбунов уходит в ГГИ – Государственный гидрологический институт, заведует там лабораторией и поневоле погружается в рутину административных обязанностей. Институтское начальство с большой неохотой отпускает его в дальние плавания. Ему пришлось отказаться от приглашения академика
О.Ю. Шмидта к участию в плавании на ледоколе «Александр Сибиряков», в котором впервые в истории Северный морской путь был пройден за одну навигацию (1932 г.). Это стало большим ударом для Горбунова, который, видимо, очень тяготился ролью кабинетного учёного. В 1934 году руководство ГГИ вновь отказывает ему в просьбе об участии в высокоширотной экспедиции. В итоге Григорий Петрович с 1935 года становится сотрудником Зоологического института АН СССР (ЗИН), в котором проводились (и проводятся до сих пор) интенсивные исследования животного мира Северного Ледовитого океана. Снова начинается период длительных арктических путешествий; в этот период Горбунов занимается в основном изучением
морских моллюсков Арктики. Успешно продвигается его научная карьера, и в 1940 году ЗИН ходатайствует о присуждении Горбунову звания старшего научного сотрудника.
И снова по какому-то злому капризу судьбы Горбунов оказывается не у дел. В августе того же 1940 года Григория Петровича увольняют из ЗИНа «по сокращению штатов». Его, высококлассного специалиста, одного из крупнейших знатоков полярных птиц и арктических морских беспозвоночных. Опытнейшего полярника. Что же произошло? Морской биолог П.В. Ушаков, много лет работавший с Горбуновым и бывший его близким другом, называет непосредственной причиной арест и расстрел брата Николая. Добавлю, что был расстрелян не только он, но и муж сестры Горбунова, а два других брата тоже подверглись репрессиям и попали в ряды «врагов народа». По тому времени это было очень опасное родство.
Но была и ещё одна причина увольнения Горбунова, о которой рассказали документы из архива ЗИН, изученные А.В. Смирновым. Летом 1940 года Григорий Петрович опубликовал в ЗИНовской стенгазете «Шмель» весьма критическую статью, в которой нелицеприятно отозвался о тогдашнем руководстве гидробиологического отдела этого института. Он критиковал не только плохое обращение с бесценными зоологическими коллекциями, но и прямо писал, что
«заведующими отделениями должны быть не те лица, которым администрация хочет увеличить зарплату, а те, кто любит эти отделения, кто их понимает, кто оживит и осмыслит их существование». Нужно ли удивляться, что тогдашний заведующий гидробиологическим отделом, В.И. Жадин, крупный учёный, но при этом человек отнюдь не либерального нрава, представил негативную характеристику на своего подчиненного, обвиняя Горбунова в клевете и настаивая на его увольнении. Это произошло в августе 1940 года, хотя двумя месяцами ранее директор ЗИНа С.А. Зернов утвердил другую характеристику на своего сотрудника – вполне положительную. А.В. Смирнов без обиняков характеризует документ, составленный Жадиным, как «отзыв-донос», поражающий «своей необъективностью и неприкрытой злобой».
Чем могло это закончиться для Григория Петровича – ясно видно из воспоминаний П.В. Ушакова, изгнанного из ЗИНа за год до Горбунова и почти таким же неблаговидным образом:
«Такой оборот дела был для меня катастрофическим: тогда на работу устроиться было нельзя. Случайно я встретился с заместителем директора ГГИ Ивановым и все рассказал ему… через десять дней я был принят на работу в засекреченном институте…А что же происходит в ЗИН в эти последние предвоенные годы? В 1939 г. в целях укрепления жёсткой дисциплины и нагнетания общего страха в стране был издан указ Сталина о безоговорочном увольнении с работы за опоздание на 20 минут. В разгар суровой зимы 1939/1940 гг., во время «финской кампании» В.В. Макаров… талантливый исследователь, уже в ранние годы зарекомендовавший себя знающим специалистом по десятиногим ракам… по личным обстоятельствам запоздал на 20 минут. Ничто не было принято во внимание: сразу же он был уволен, тотчас же призван на военную службу и необученным солдатом отправлен на Карельский перешеек. Он успел написать, что страшно мёрзнет, и вскоре был убит финским снайпером».Горбунову повезло больше. Ему удалось устроиться гидробиологом в штат Арктического научно-исследовательского института. Это было то самое учреждение, некогда называвшееся Институтом изучения Севера, в котором Горбунов и начал свою профессиональную научную деятельность. Он снова готовится к участию в плаваниях по северным морям, но все планы перечёркивает начавшаяся война. Потом – блокадная зима 1941/1942 гг., выезд из осаждённого города и смерть по дороге в Красноярск. Судьба отпустила Григорию Петровичу всего 48 лет жизни.