Популярность пилотов в это время невероятна, и вскоре молодой поляк попадает на демонстрационный полёт Сергея Уточкина, который и решает его дальнейшую судьбу. Параллельно учёбе в училище Нагурский проходит курс обучения пилотированию аэроплана в Императорском Всероссийском аэроклубе, посещает теоретические авиационные курсы при Санкт-Петербургском политехническом институте. Далее получает направление в Гатчинскую офицерскую воздухоплавательную школу, после окончания которой в 1913 году ему присваивают звание военного летчика, а успешная защита диплома морского инженера позволяет получить назначение в недавно созданное Главное Гидрографическое Управление.
Ведомство, куда распределили универсального офицера Яна Нагурского, занимается огромным количеством дел, в том числе курирует освоение арктического региона. Вскоре поступают пугающие сведения об исчезновении полярных экспедиций
Г. Я. Седова на судне «Святой Фока» и Г. Л. Брусилова на «Святой Анне». Гидрографическое Управление принимает решение использовать в поисках самое передовое изобретение человека – авиационные аппараты. Среди не очень большого списка профессиональных пилотов выбор специальной комиссии пал на Нагурского, чему в значительной степени способствовало наличие у него профессии военно-морского инженера и служба в морском ведомстве.