В 1829 году Пётр Пахтусов предложил свой проект экспедиции на восточное побережье Новой Земли. Хотя проект был утверждён, экспедиция по ряду причин (в частности, из-за нехватки финансовых средств) не состоялась.
В 1832 году был произведён в подпоручики корпуса флотских штурманов.
В 1832–1833 годах, получив поддержку торговой компании Брандта и Клокова, снарядившей сразу две группы (вторая — лейтенанта Кротова, которому поручалась разведка морского пути к устью Енисея), на одномачтовом карбасе «Новая Земля» отправился к Новой Земле. Он достиг архипелага и зазимовал. В марте 1833 года Пахтусов приступил к съемке местности Никольского Шара; было описано более 130 вёрст побережья восточного берега Новой Земли до Савиной губы.
В своем первом путешествии Пахтусов обнаружил на Новой Земле залежи каменного угля и предложил их промышленное освоение. К 1934 году ему удалось снарядить вторую экспедицию. На этот раз в распоряжении Пахтусова были шхуна «Лейтенант Кротов» и карбас «Казаков». На каждом судне было по 7 человек матросов, еще в составе экспедиции был фельдшер. Сам Пахтусов принял командование шхуной, а его помощник, кондуктор корпуса штурманов, Август Циволька — карбасом. За 440 дней экспедиции исследователям удалось получить бесценные географические, астрономические и метеорологические сведения. Пахтусов провёл геодезическую съёмку и опись южного берега Маточкина Шара; были проведены астрономические наблюдения с целью установления точного расположения пролива, описан восточный берег Новой Земли на 160 километров к северу от пролива. Но в конце марта судно было затёрто льдами и затонуло. Команда спаслась, но многие заболели. Экспедиции удалось достичь 74°24′ северной широты и описать открытые острова. Позже этот архипелаг был назван островами Пахтусова.
Помимо исследования Новой Земли, Петром Пахтусовым было произведено подробное картографирование побережья Северного Ледовитого океана от Канина Носа до острова Вайгач. Он первым сделал детальные гидрографические описания и первые промеры глубин Белого моря. Принимал участие в картографировании острова Колгуев.
Его вклад в исследование Севера невозможно переоценить. Пахтусов по праву стал легендарной фигурой для русских полярников. За
изучение Новой Земли Пахтусов получил орден Св. Анны 3-ей степени. Тяжёлые экспедиционные условия способствовали ранней смерти Петра Кузьмича 7 (19) ноября 1835 года.