Харитон Прокофьевич родился в 1700 году в городе Великие Луки. В 1715 году поступил в Морскую академию, затем, в 1718 году был зачислен на службу гардемарином. 24 мая 1726 года Харитон Лаптев произведён в мичманы.

В 1737 году мичман Лаптев был утвержден командиром дубель-шлюпки «Якутск» Ленско-Енисейского отряда Великой Северной экспедиции. Команде нужно было пройти морским путем из Лены в Енисей с попутной описью неизвестных берегов. Однако в пути судно было раздавлено льдами, и Лаптев принял решение продолжить исследовательскую работу по земле, на собачьих упряжках.

Летом 1741 года этим занимались три группы, которыми руководили Семен Челюскин, Никифор Чекин и сам Харитон Лаптев. Было много трудностей, но поставленные задачи были успешно выполнены, и в августе 1742 года Ленско-Енисейский отряд в полном составе прибыл в Енисейск. Во время экспедиции Лаптев с частью отряда посещал Дудинское зимовье (Дудинку) и провел там две недели, дожидаясь возможности продолжить путешествие на оленьих упряжках.

Под руководством Харитона Лаптева члены отряда Великой Северной экспедиции впервые обнаружили и нанесли Таймыр на карты.

Вклад участников экспедиции, возглавляемой Лаптевым, в исследование Таймыра – неоценим: они впервые установили размеры и протяженность полуострова, описали его рельеф, природные условия, возможности мореплавания, сделали географическое описание.

К слову, первое известное документальное свидетельство о существовании станка Норильский (Норильска) тоже принадлежит участнику Великой Северной экспедиции Харитону Лаптеву. 19 марта 1742 года в своем дневнике мореплаватель написал: «Приехали на устье реки Норильской, по которой ехали вверх десять верст в Норильское зимовье ночевать».

В 1913 году Русское географическое общество утвердило название море Лаптевых в честь Харитона Прокофьевича Лаптева и его двоюродного брата Дмитрия Яковлевича Лаптева (он также участвовал в Великой Северной экспедиции, описывая берега к востоку от реки Лены до устья реки Колымы).
Юго-западное побережье полуострова Таймыр названо берегом Харитона Лаптева. Два мыса острова Махоткина названы мысом Лаптева и мысом Харитона.

В сентябре 2024 года в Дудинке был установлен гурий Харитону Лаптеву. Инициаторами создания памятника выступили сотрудники Таймырского краеведческого музея при поддержке компании «Норникель».