18 августа 1918 г. «Таймыр» и «Вайгач» вышли из Архангельска. Через неделю они достигли Южного острова Новой Земли, где была произведена съёмка острова Междушарского, неверно нанесённого на карту. 1 сентября «Таймыр» сел на мель в проливе Югорский Шар (был снят с помощью «Вайгача» 3 сентября). 7 сентября суда пришли на Диксон.
Здесь предстояло выполнить следующие задачи: с «Таймыра» нужно было выгрузить привезённое на Диксон имущество, а затем произвести выгрузку в Усть-Енисейске. С «Вайгача» предстояло разгрузить радиостанции и запасы в Усть-Енисейске и Дудинке, а личному составу обоих судов помочь скорейшему оборудованию радиостанций и постройке радиомачт. С помощью одного из транспортов планировалось провести разведку ледовой обстановки в северной части Карского моря, также было необходимо тщательно вычистить котлы, развальцевать в них трубки и перебрать механизмы.
8 сентября «Вайгач» выскочил на подводный риф, не нанесённый на карту в районе мыса Ефремов Камень в Енисейском заливе. Безуспешные попытки снять судно продолжались до 25 сентября. В них, помимо «Таймыра», приняли участие пароходы «Туруханск», «Лена», «Север» и «Орёл», находившиеся в этом районе. В итоге, спасти «Вайгач» так и не удалось.
«Таймыр» успел дойти до Дудинки, где выгрузил необходимое для постройки радиостанции и оставил часть личного состава во главе с радиотелеграфистом унтер-офицером М.М. Шунько – участником плавания и зимовки ГЭСЛО в 1914 – 1915 гг. Радиостанция была построена и
обеспечивала связь Сибири и Архангельска через Диксон и Югорский Шар. В январе 1920 г. она приняла известие из Москвы о падении власти Колчака в Красноярске.
Из Дудинки Вилькицкий пытался связаться с Сибирским правительством (в тот период – Временным всероссийским правительством – «Уфимской директорией»). Он отправил несколько телеграмм в Омск и в Красноярск, в которых он сообщал об аварии «Вайгача», высказывал мысль о возможной зимовке «Таймыра» в Луковой протоке в устье Енисея (в случае доставки туда снабжения), информировал представителей Сибири о том, что правительство Северной области предполагает закрыть все полярные радиостанции (кроме Югорского Шара) и предлагал взять их «на иждивение» Но отправленные 23 сентября телеграммы, были получены в Сибири только 1 октября, а к этому времени «Таймыр» был вынужден уйти обратно на Диксон, откуда 3 октября отправился в Архангельск. Командир «Вайгача» старший лейтенант П.В. Тихменев с частью команды убыл в Красноярск на одном из пароходов. Туда же отправили и груз, предназначенный для Усть-Енисейска.