Борис Викторович продолжал жить скромно, в подвале родного института (закрыт в 1930 году) с дальним родственником, «богоданным» братом Анатолием Крогом, полностью взявшем на себя заботу об инвалиде, и племянником. Несмотря на то, что Борис Шергин держался в стороне от советского идеологического мейнстрима, в годы Великой Отечественной войны он активно, зачастую превозмогая физические страдания, в том числе вызванные недоеданием, выступал с чтением своих произведений в воинских частях, госпиталях, библиотеках, вузах, школах. «Я тем душу питаю, – писал он в своем дневнике, – в силу беру, что, когда схватит меня горе, я равняюсь по народу моему. Как они горе переносили мужественно и великодушно, так должен и я...».
Репертуарные фольклорные переработки, с которыми Шергин выступал в военные годы, стали основой сборника «Поморщина-корабельщина», вышедшего в 1946 году и сразу же попавшего в жернова печально известного Постановления Оргбюро ЦК ВКП (б) от 14 августа 1946 г. «О журналах “Звезда” и “Ленинград”». Шергина обвинили в консерватизме, воспевании дореволюционного уклада, «грубой стилизации и извращении народной поэзии». Перед писателем закрылись двери издательств, потянулись годы изоляции от читателей и слушателей, безденежья, нищеты. Именно в это время у Шергина стало резко ухудшаться здоровье, прогрессировать слепота.
Что же помогало Борису Викторовичу не только выживать, но изо дня в день садиться за стол, работать и чувствовать полноту жизни? Ответ на этот вопрос, по сути, проясняет тайну всего московского периода Шергина. Она отражена в дневниках писателя. Только этим потаенным страницам он мог доверить свои размышления о Боге, о русских святых, о православии, об одухотворенной природе, о том, как он «заблуждающийся, претыкающий, недоумевающий, незнающий, несведущий, слепотствующий» черпает силы в молитве. Именно вера давала ему пронзительные «минуты ясности и истинности сознания». «В такие минуты ум становится широким и ясным, мысль дальновидной, – писал Шергин. – Отходил труд калечных ног, не нужны были подслепые глазишки и очки, не нужен стариковский костыль». «…С точки зрения «мира сего», я из тех людей, каких называют «несчастными». Еле брожу, еле вижу… Но я думаю: как много кругом несчастья. Как много бедствующих, болящих… Так мало счастливчиков, в такову печаль упал и лежит род человеческий, особливо сынове российские, что в полку сих страдающих спокойнее быть для совести своей. С плачущими, алчущими, изгнанными, скорбящими… Куда почетнее шествовать путь жития своего, нежели попрыгивать со счастливчиками».
Борис Егоров, биограф и издатель дневников Шергина, считает, что «много тайн у него было. Если б в то время знали, что он об этом пишет, расстреляли бы. Он был категорически против «антихристов», которые разрушили храмы, которые пытались лишить народ православной веры. Жизнь его до сих пор не исследована».
Период забвения закончился в 1957 году, когда по просьбе писателя Алексея Югова в подвал к Шергину наведался редактор издательства «Молодая гвардия» Владимир Сякин, причем он, по собственному признанию, до этого о Шергине не слышал. Каково же было удивление Сякина, когда он, заглянув в рукопись почти слепого писателя, понял, что перед ним текст «поморского Гомера». Это стало не только редкой редакторской удачей для В.В. Сякина, но и началом долгой, до конца жизни обоих литераторов, дружбы. Владимир Сякин, в отличие от более именитых писателей и литературных функционеров, знавших Шергина, помог ему делом: издал книгу и через Союз писателей добился предоставления Борису Викторовичу и его племяннику двух больших и светлых комнат в доме на Рождественском бульваре, в центре Москвы.